こんばんは。差分ばかりで、タイトルを付けるのに苦労しているmartinです。
指摘のあった不具合を修正しました。カテゴリーの管理で、見た目はカテゴリー名などが変更されたように見えても、実際のログはそのままでした。ソースを見直しましたが、自分で書いておきながら、なんだか訳の分からない処理をしてたので、ちょっとすっきりさせました。きっと疲れが溜まっているときに書いたコードだったんでしょう。後は、管理画面の「環境設定」→「更新サーバーの管理」での諸々の設定がJavaScriptエラーのせいで動いていなかったようです。これも修正しました。あと、ログインしていないときに、管理者であればコメント欄のテキストエリアをクリックすると、ログインを促すようなダイアログが出るのですが、その際にログイン処理後、コメント欄にフォーカスが行くようにしたつもりでしたが、そうなっていなかったので、これも修正しました。他には、親カテゴリー・子カテゴリーの統合オプションに関して、管理画面での指定後、サイドバーの記事数が選択したモードと一致していなかったので修正しています。
添付しておきます。
添付ファイル： DIFF080418.zip
9月予定のようです。 
とりあえず、ひとつ前のバージョンに戻してみましたが。。
月ごとのロゴには、削除したカテゴリー名がそのまま残っています。記事ごとのカテゴリーのリンク先は消えていますね。（私は動的リンクを使っています。）
今度の新しいHTMLファイル形式でバックアップを取ろうとしたら、画像の少ない月はきれいに取れますが、画像が多い月か、大きな画像をアップしてある月は、真っ白画面になってしまいました。MHT形式の時でもかなり量が大きくなると、そうなっていましたので、サーバーへの負荷を抑えるためにそうなるのだと思います。ここは、やむなく前のMHT形式を使っていかざるを得ないと考えています。